Der in Kantabrien ansässige Stamm der Kantabrer wurde im 5. Jahrhundert von den Westgoten verdrängt, welche im Zuge der Völkerwanderung die iberische Halbinsel besetzten. Die Goten gründeten das erste Herzogtum mit der Stadt Amaya. Im 8.Jahrhudner fiel die Halbinsel fast vollständig unter die Herrschaft der Mauren, bis auf Kantabrien und Asturien. In diesen Regionen begann auch die langwierige Reconquista, die christliche Rückeroberung der spanischen Halbinsel, welche 1492 erfolgreich endete.
Alfons II. besiegte den Mauren Hixem I. nördlich von Los Barrios de Luna in einer der letzten Schlachten um Kantabrien und vertrieb die Mauren endgültig in die Meseta. Sein Nachfolger Alfons III. gründete das Königreich Asturien-León. Im 13. Jahrhundert fiel das Königreich nach langwierigen Eroberungen dem Königreich Kastilien zu.
Kantabrien wurde erneut der Ausgangspunkt von Widerstand, als im frühen 19. Jahrhundert die Franzosen den Norden Spaniens besetzten. Heute macht Kantabrien vor allen als Touristenregion von sich reden und auch der traditionelle Bergbau besitzt noch eine große Bedeutung. Es werden Zink-, Blei- und Eisenerz gefördert. Jugendreisen Italien sind schon seit längerem beliebt. Seit kurzem ist auch Cantabrien angesagtes Ziel vieler Jugendreisen.